2 gün süren uğraşlarım sonucu sonunda doğru yapıyı buldum. :D aslında binevi bundan bu başlığı açmıştım :D. kodumun son hali bu:
#header{
height:100px...
Flex conteiner da bazen padding ve margin'e eksi değer giriyorum, henüz öğrenme aşamasındayım; bazen nav ve logoyu position ile hizalıyorum bazen değer +100...